1．株式譲渡・事業譲渡・合併等の違い

M&Aは、企業の合併・買収を意味する言葉です。中小企業の事業承継では、株式譲渡や事業譲渡が選択肢となります。以下は株式会社を中心とした説明です。合同会社の持分譲渡、医療法人等については、承認や出資・持分に関する制度が異なります。

会社の100％の株式を取得する取引では、対象となる株式について各売主の処分権限と合意を確認します。経営者が過半数を持っていても、他の株主の株式を当然に売れるわけではありません。少数株主を整理する場合には、任意の買取りか、別途の会社法上の手続と権利保護を検討します。

事業の全部・重要な一部の譲渡等には、原則として株主総会の特別決議が問題となりますが、規模や支配関係等による例外があります。また、「この債務は引き継がない」と当事者が契約しただけで、常に債権者に対する責任を免れるわけではありません。商号を続用する譲受会社の責任なども確認してください。

根拠：会社法22条、309条2項、467・468条、合併・会社分割等の規定。

2．相談から引継ぎまでの流れ

1. 希望と現状を整理する：引退時期、希望する手取額、従業員の雇用、会社名や店舗の維持、保証解除、売却後の関与について優先順位を決めます。株主構成、定款、決算書、借入れ・保証の一覧を準備します。
2. 支援者を選び、秘密保持を決める：仲介者・FA・弁護士等の役割、業務範囲、費用を確認します。買い手候補に社名や取引情報を開示する前に、目的外利用・第三者提供の禁止、開示範囲、資料返還・削除などを定めます。
3. 候補先を確認し、条件をすり合わせる：買い手の実体、資金力、引継ぎ方針を調べます。基本合意書では、価格の前提、調査期間、独占交渉、費用負担、法的拘束力を区別します。
4. 調査と条件交渉を行う：法務・財務・税務等のデューデリジェンスを行い、判明した問題を価格、契約条件、実行前の是正措置に反映します。
5. 最終契約と実行準備：表明保証、補償、支払方法、保証解除、必要な承認・同意、実行条件を合意し、金融機関・取引先等との手続を進めます。
6. 決済・引継ぎ：代金の着金と株式等の移転、必要書類の交付を確認します。役員変更、権限・口座管理の切替え、顧客・従業員への説明を行い、その後の経営・業務の統合につなげます。

基本合意書の名称だけで拘束力は決まりません。最終的な売買条件を非拘束とする一方、秘密保持、独占交渉、費用負担等には拘束力を持たせることがあります。「まだ正式契約ではない」と考えて署名せず、各条項を確認してください。

参考：QA No.1852　会社売買・M&A、経済産業省・中小M&Aガイドライン第3版の公表資料。

3．会社・株式の価格と不動産保有会社

売買価格と税務評価額を分けて考える

株価評価には、将来生み出す資金を現在の価値に換算するDCF法、類似企業・取引との比較、資産と負債を実態に合わせて評価する方法などがあります。どの方法が適切かは、利益の安定性、事業計画の確かさ、不動産等の資産の比重などで異なります。

提示額を比べるときは、それが事業全体の価値なのか、借入れ・現預金等を調整した株式の価値なのかを確認してください。退職金、役員借入金の返済、会社に残す運転資金、買収後に追加で支払う条件付き代金が含まれるかによっても、実際の受取額は変わります。

国税庁の非上場株式の評価には、類似業種比準方式、純資産価額方式、一定の株主に用いる配当還元方式等がありますが、これは主に相続税・贈与税の評価の説明です。支配株式か少数株式か、評価目的、適用する税法によって扱いが異なり、M&A価格を一律に決める公式ではありません。特に親族・関係会社間の売買では、低額・高額譲渡による贈与税、所得税・法人税等の問題を個別に検討します。

のれん・負ののれんとは

会社や事業を取得した場合、取得原価が、企業結合日に時価評価した識別可能な資産から引き受けた負債を差し引いた純額を上回ると、その超過額が「のれん」となります。100％株式取得の単純な例では、概ね「買収価格－時価評価後の純資産」と考えると分かりやすく、1株当たりでも「1株当たり取得価格－1株当たり時価純資産」に近い関係になります。ただし、帳簿上の純資産（BPS）との差額がそのまま会計上ののれんになるわけではなく、土地や無形資産等を含む資産・負債の時価評価と取得原価の配分を行います。

逆に、取得原価が時価評価後の識別可能な純資産を下回る場合には、資産・負債の把握や取得原価の配分を見直した上で、なお差額が残れば「負ののれん発生益」として利益に計上します。これは旧来「合併差益」と呼ばれた概念と同義ではありません。デューデリジェンスでは、のれんの根拠となる将来収益力が妥当か、既に計上されているのれんに減損リスクがないかも確認します。

参考：企業会計基準委員会・企業会計基準第21号「企業結合に関する会計基準」（取得原価の配分、のれん・負ののれんの会計処理）。

賃貸不動産を持つ会社では何を見るか

不動産保有会社では、物件の時価と現預金等から負債を差し引く考え方が出発点の一つになります。しかし、単純な差引計算だけでは不十分です。敷金・保証金の返還債務、修繕費、空室、賃料改定の可能性、担保、境界・接道、用途・建築上の問題、土壌汚染等を調べます。

株式を売っても不動産の所有者は同じ会社なので、その取引自体による不動産所有権の移転は通常ありません。一方、会社に残る不動産の税務簿価や含み益は消えません。将来売却した場合の税負担、潜在債務などが価格交渉で考慮されることがあります。借入金の返済額、保証解除の条件、株式売却と物件売却それぞれの税引後手取額を同じ前提で比較します。

参照：国税庁・取引相場のない株式の評価、最高裁2023年5月24日決定。

4．デューデリジェンスで調べること

デューデリジェンス（DD）は、買収対象の実態とリスクを調べる作業です。帳簿の数字だけでなく、株主の権利、契約、従業員、許認可、情報管理まで対象となります。調査した事項に問題がないことを無条件に保証する監査や認証ではなく、資料・期間・調査範囲に限界があることも理解しておきます。

税務資料を何年分調べるかは、想定される税目・問題、調査履歴、保存義務等に応じて決めます。「税金の徴収時効が何年だから、その年数分だけ見れば十分」という決め方はできません。申告内容を是正できる期間と徴収権の時効は別の問題です。

売り手も、権利関係や未整理の取引を事前に確認すると、交渉の中断や直前の値下げを防ぎやすくなります。問題を把握したら資料とともに開示し、是正、価格調整、個別の補償などにより扱いを決めます。解散・清算前の財産整理でも、会社や債権者を害する資産移転は避ける必要があります。

5．株式譲渡の承認、株券、株主名簿

定款と本当の株主を確認する

まず、売主が対象株式を適法に保有しているか確認します。登記簿だけで株主全員は分かりません。株主名簿に加え、設立時の払込み、過去の譲渡、相続・遺産分割、名義借りの有無などを調べます。経営者の説明と名簿が一致しない場合には、決済前に権利関係を整理してください。

譲渡制限株式では、会社の承認手続が必要です。会社法139条は、原則として株主総会、取締役会設置会社では取締役会の決議とし、定款に別段の定めがある場合を認めています。承認等を実行条件として先に売買契約を結ぶこともあるため、契約締結日、承認日、株式移転日を区別します。

株券の交付と名義書換え

株券発行会社では、原則として株券の交付が譲渡の効力に関わります。「以前から株券を作っていない」という場合でも、定款・登記上の株券発行の定めを確認し、必要な対応をとります。紛失株券がある場合も、代金支払前に整理が必要です。

株主名簿の名義書換えは、会社等に譲渡を主張するための対抗要件として重要です。会社法130条では、株券発行会社とそれ以外で対抗要件の対象が異なります。株券や名簿の手続を省き、契約書と役員変更登記だけで完了したと考えないでください。

株式譲渡そのものは通常、商業登記の登記事項ではありません。取締役・代表取締役の変更は、株式の移転とは別の決議・就任等の手続と登記によって行います。株式譲渡契約を公正証書にすることも、一般的な成立・有効要件ではありません。

会社が譲渡を承認しない場合

承認請求の際に所定の買取請求をしていれば、会社または指定買取人による買取りの手続が問題となります。価格について協議が整わないときの裁判所への売買価格決定申立ては、会社法144条2項では買取通知があった日から20日以内です。指定買取人の場合には同条7項の準用を確認します。譲渡承認の通知に関する「2週間」と混同しないようにしてください。

根拠：会社法128・130・133条、136～145条。関連：QA No.870、QA No.613。期間や条文番号は現行条文で確認してください。

6．契約・表明保証・決済の注意点

契約では、「何を、いつ、いくらで渡すか」とともに、「前提が違った場合に誰がどこまで責任を負うか」を具体化します。対象会社に問題が見つかったからといって、株式の売主がすべての損失を当然に負担するとは限りません。契約文言、開示資料、買い手の認識、適用法に即した検討が必要です。

• 対象・代金：株式数・種類、対象事業・資産、価格調整の基準日、借入金・現預金・運転資金の扱い、役員退職金や役員借入金の返済を明確にします。
• 実行条件：必要な承認、重要契約の同意、資金調達、保証解除等を挙げ、期限までに満たされない場合の延期・解除・費用負担を決めます。
• 表明保証と開示：株式の権利、計算書類、債務、税務、労務、許認可等について、どの時点のどの事実を保証するかを定めます。既知の例外事項は具体的に開示します。
• 補償：対象損害、請求期限、上限・下限、税務等の特別補償、通知方法、第三者から請求された場合の対応、責任制限の例外を決めます。
• 売却後の約束：引継ぎ期間と報酬、雇用維持、競業避止、顧客・従業員の勧誘制限などについて、対象・地域・期間・違反時の扱いを確認します。

分割払いや一部留保は買い手のリスクを減らす一方、売り手には未回収リスクが残ります。エスクロー等を利用する場合も、預託先、分別管理、払出条件、紛争時の手続、費用を確認します。「仲介会社が預かるから安心」とは限りません。

決済では、送金先を独立した連絡手段で確認し、着金、株券・書類の交付、保証解除関係書類などを確認する担当者と順序を決めます。会社の実印、通帳、ネットバンキングの操作権限等を、条件未充足のまま先行して引き渡さないことも大切です。

事業譲渡では会社法21条の競業禁止も確認します。株式譲渡の売主個人に同じ規制がそのまま適用されるわけではないため、必要な契約条項の範囲を個別に検討してください。

関連：QA No.1931　企業買収における買収資金の送金手続。根拠・参考：会社法21条、民法。

7．経営者保証と買い手の信用確認

会社の借入れを経営者が個人保証している場合、株式譲渡後も、その保証契約が残れば金融機関から請求を受ける可能性があります。売主・買主の間で「買主が責任を持って保証を外す」と約束しても、それだけで金融機関に対する保証債務が消えるわけではありません。

借入先ごとに、保証人、保証対象、担保、残高を一覧にし、金融機関へ早めに相談します。借換え、返済、保証人変更など、どの方法で解除されるのか、誰の承認が必要か、いつ効力が生じるかを書面で確認し、可能な限り決済条件と整合させます。

売り手も買い手を調べる必要があります。法人の登記、実質的な支配者、買収実績、資金の裏付け、事業継続の方針、過去のトラブル等を確認します。買収後すぐに会社の現預金を移す計画や、保証解除を後回しにする提案がある場合は、理由と適法性、会社の支払能力への影響を十分に検討します。会社の資金で買収代金を賄う計画にも、会社と株主の財産の区別、役員の責任、債権者保護などの問題があります。

売却後も、保証解除の完了、残代金の支払、雇用や引継ぎの合意事項を確認できるよう、連絡・報告方法を定めておきます。問題が分かったときは、契約書、送金記録、連絡履歴を保存し、早めにご相談ください。

参考：経済産業省・中小M&Aガイドライン第3版は、経営者保証や不適切な譲受側への対応を含む実務上の課題を扱っています。

8．従業員・許認可・取引先の引継ぎ

株式譲渡と事業譲渡で雇用の扱いが違う

株式譲渡では雇用主である会社は同じなので、株主が変わることだけで労働契約が終了したり、賃金を自由に引き下げられたりするものではありません。事業譲渡では、労働契約を譲受会社へ移すために、原則として労働者本人の個別の承諾が必要です。合併・会社分割については、それぞれの承継制度・保護手続を確認します。

2026年5月25日から、厚生労働省の事業譲渡・合併に関する改正指針が適用されています。事業譲渡では、従業員が十分理解して承諾できるよう、譲渡の状況、譲受会社、業務・勤務地・労働条件等を説明し、時間的余裕をもって協議します。労働条件を変更して承継する場合はその変更への同意も必要であり、承継を承諾しないことだけを理由とする解雇等が当然に認められるわけではありません。

売り手と買い手の間の「従業員を大切にする」という抽象的な約束にとどめず、承継対象、賃金、勤続年数、退職金、有給休暇、説明時期などを整理します。労働組合等との協議・団体交渉にも適切に対応してください。

許認可と重要契約を事前に点検する

事業譲渡で許認可がすべて自動的に移るわけではありません。業種ごとに、新規取得、承継認可、届出等が必要かを所管官庁に確認します。株式譲渡でも、役員・主要株主の変更等が許認可に影響することがあります。

賃貸借、融資、フランチャイズ、重要な販売・仕入契約などでは、契約の移転や支配権変更に関する条項を確認します。顧客情報等の提供も、秘密保持契約があれば無制限に許されるわけではありません。個人情報保護法等に照らし、提供時期・目的・範囲と安全管理を整理します。

参照：厚生労働省・事業譲渡等指針の2026年改正、改正後指針全文（PDF）。関連：QA No.1045　会社分割と労働者の地位。

9．税務と手取額の比較

以下は、国内の株式会社と日本の居住者である個人株主を中心とする一般的な説明です。売主が法人・非居住者の場合、自己株式の取得、組織再編、親族間取引等では扱いが異なります。売却額だけでなく、会社と株主のどちらにどの税金が発生するかを、税理士等と試算してください。

個人株主が第三者へ株式を売る場合

一般の非上場株式の譲渡益は、原則として申告分離課税です。2026年分では、所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％を合わせた20.315％が基本となります。税金がかかるのは通常、代金全体ではなく、取得費と譲渡に直接要した費用等を差し引いた利益です。

概算例：売却代金5,000万円、株式の取得費1,000万円、控除できる譲渡費用200万円なら、譲渡益は3,800万円です。これに20.315％を乗じた税額は771万9,700円で、代金から当該費用と税額を引いた残額は4,028万300円となります。ほかの所得・損失、特例、税額控除、追加の税負担等を考慮しない単純な例です。

相続・贈与により取得した株式では、原則として従前の取得費を引き継ぎます。相続税評価額がそのまま取得費になるわけではありません。また、極めて高い水準の所得に対する追加課税など、基本税率だけで計算が完結しない場合もあります。売却年の制度で確認してください。

株主間の株式売買だけで対象会社が譲渡代金を受け取るわけではなく、その売買だけを理由に対象会社の譲渡益課税が生じるものではありません。ただし、同時に会社が資産を売る、債務免除を受けるなどの取引を行えば、別の課税関係が生じ得ます。

参照：国税庁株式等を譲渡したときの課税、譲渡した株式等の取得費、極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置。

会社が不動産・事業を売る場合

会社に生じた譲渡損益は、原則としてその事業年度の所得計算に反映されます。法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税、特別法人事業税等を検討し、会社の規模・所在地・所得額・欠損金等に応じて試算します。一律に「利益の約4割」とは説明できません。

さらに、2026年4月1日以後に開始する事業年度から、防衛特別法人税が導入されています。一般的には、所定の調整をした基準法人税額から年500万円の基礎控除を差し引いた額に4％を乗じる仕組みであり、売却益全額にそのまま4％を加算する制度ではありません。

消費税については、土地は非課税である一方、建物・設備・営業権等は原則として課税対象となります。事業をまとめて売る場合も、対価を課税資産・非課税資産に合理的に区分します。実際の納税義務や仕入税額控除は、当事者の課税関係等によって異なります。不動産取得税、登録免許税、印紙税、仲介・専門家費用等も、手法と書面に応じて確認します。

参照：国税庁法人税の税率、防衛特別法人税の案内（PDF）、営業の譲渡をした場合の消費税、東京都主税局法人事業税・法人都民税、特別法人事業税。

会社に入ったお金を株主へ渡す場合

会社の売却代金を、経営者がそのまま個人のお金として引き出せるわけではありません。配当、役員退職金、役員借入金の返済、清算時の残余財産分配など、何の支払かにより課税関係と会社法上の手続が異なります。

非上場株式の配当は原則として総合課税で、一定の少額配当の取扱いはあるものの、通常の上場株式のように申告分離課税を選べるものではありません。役員退職金は、実際の退職の有無、金額の相当性、勤続期間等を検討し、清算分配や自己株式の買取りでは、みなし配当の問題も確認します。

買い手側も、株式取得価額を通常すぐに全額費用化できるわけではありません。事業譲渡では取得資産ごとの計上・償却、組織再編では適格・非適格の判定や欠損金の制限などが問題となります。売り手・買い手双方の税務を踏まえて条件を調整します。

参照：国税庁・配当金を受け取ったとき。少額配当の申告不要の取扱いと、申告分離課税の選択は別の制度です。

10．非上場株式の評価に関する最高裁決定

最高裁2023年5月24日決定――DCF法と非流動性ディスカウント

最高裁第三小法廷は、会社法144条2項による譲渡制限株式の売買価格決定事件で、DCF法による評価額から、市場で売りにくいことを理由とする「非流動性ディスカウント」を行うことができる場合があると判断しました。

ただし、評価の計算過程で市場性の欠如を十分に考慮済みであるのに、さらに同じ理由で減価する二重の評価は相当でないとしています。本件では、類似する上場会社の数値が使われ、市場性の欠如が評価に織り込まれているとはうかがわれない事情がありました。

この決定から、「非上場株式はいつでも一律30％引きでよい」と結論付けることはできません。譲渡不承認に伴う価格決定、組織再編に反対する株主の買取請求、会社全体の経営権を売る交渉では、手続の目的や評価条件が異なります。提示された評価書について、将来利益、割引率、借入金・現預金、市場性や支配権の扱いを確認することが大切です。

判例：最高裁令和5年5月24日・令和4年（許）第8号／決定全文（PDF）。

11．仲介会社・専門家に依頼するとき

仲介者は売り手と買い手の双方の間で成約を支援し、FA（フィナンシャル・アドバイザー）は一般に一方当事者のために助言します。弁護士への依頼でも、誰の代理人として、どの範囲の調査・交渉・契約作成を行うのかを確認します。仲介者を利用する場合でも、ご自身の立場から契約を検討する専門家に相談する意義があります。

中小M&Aガイドライン第3版は、手数料と業務内容、利益相反等について確認すべき事項を示しています。成功報酬の率だけでなく、その率を掛ける対象が株式代金・企業価値・移動総資産等のどれか、最低手数料、着手金・中間金、消費税、成約しない場合の費用、相手方から受け取る報酬も確認してください。

また、専任契約、他の専門家への相談、直接交渉の制限、中途解約、契約終了後の一定期間に成約した場合の報酬（テール条項）を確認します。M&A支援機関への登録は、個々の取引の安全性や成約を国が保証するものではありません。不明点がある契約は、説明と具体的な見積りを求めてから判断しましょう。

参照：中小M&Aガイドライン第3版の公表資料、中小企業庁・ガイドラインと関連情報。ガイドラインは法律そのものとは区別されます。